Evangelikální aliance (Evangelical Alliance - EA) byla založena v Londýně roku 1846 z podnětu skotského kazatele Thomase Chalmerse. Hlavními podněty byla nutnost spolupráce a touha po zřetelnější jednotě křesťanů. Po dvou přípravných konferencích v Glasgow a Liverpoolu (1845) bylo svoláno na 19. Srpna 1846 do Londýna ustavující shromáždění za účasti 921 hostů z 52 církví z Britských ostrovů i z více zemí v Evropě. Od roku 1853, kdy se konalo generální shromáždění v Paříži a v roce 1857 v Berlíně, můžeme sledovat celosvětové rozšíření EA.

Založení EA mělo velký význam pro počátky ekumenického hnutí a je historicky nejstarším ekumenickým hnutím s jednoznačně biblickou a modlitební orientací. Vedle Aliančních týdnů modliteb dávala podnět k evangelizaci, k vytváření místních a národních aliancí, jež se spojovaly k modlitbám za utiskované a pronásledované, k evangelizačním akcím a výchově a k sociální práci. Pozvedali také svůj hlas za lidská práva a proti obchodu s drogami.

První české kontakty s EA se datují již od roku 1879, kdy byla z Čech do ústředí EA v Londýně zaslána petice s prosbou o pomoc ve věci práv menšinových církví a o níž informoval Jan Karafiát v 1. čísle svých Reformovaných listů z roku 1896. 1899 poprvé čteme pozvání k modlitebním týdnům pod heslem “Jedno tělo jsme v Kristu” na které Karafiát upozorňoval a zároveň je doporučoval. Tyto Alianční modlitební týdny se konaly i nadále vždy první celý týden v lednu.

V roce 1988 dal známý teolog a kazatel John Stott podnět ke vniku České EA, ale jelikož ji nebylo v té době možné založit požádala Kostnická jednota o přidružené členství v EEA. V zápětí se v roce 1990 otevřela možnost ustavit EA v Československu. V roce 1991 zahájila ČEA oficiálně svou činnost a po rozdělení vznikla také EA na Slovensku. Ve stejném roce se stala ČEA na výročním zasedání EEA ve Španělsku členem Evropské evangelikální aliance (European Evangelical Alliance - EEA) . V současné době je ČEA členem také WEA (World Evangelical Alliance – Světová EA, do roku 2002 Světové evangelikální společenství).

Prvním předsedou ČEA byl evangelický farář Mgr. Miroslav Heryán, který stál u zrodu ČEA a formoval její základy. Následně byli předsedy Mgr. Pavel Černý (zároveň předseda Rady Církve bratrské), Ernest Welszar (kazatel CB) a v roce 1999 Karl Zolar (vedoucí Operace Mobilizace - ČR). Od roku 2002 byl předsedou Petr Bartoš (AC). V roce 2005 byl zvolen Mgr. Tomáš Chvojka (CB). Předseda je volen na tři roky.